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在年度企业所得税汇算清缴期间，某企业财务人员对分支机构是否必须由总机构合并汇总纳税存在疑问。该企业设有跨省市的分支机构，且分支机构实行独立核算。财务人员不确定，在年度终了时，分支机构是否不能自行进行企业所得税的年度纳税申报，而必须由总机构将所有分支机构的经营情况合并后进行统一的汇总纳税申报。希望明确相关税法规定及具体操作要求。
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税务探索者
根据《企业所得税法》第五十条及其实施条例第一百二十五条规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格分支机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。因此，分支机构在年度终了时，其企业所得税通常不是独立计算缴纳，而是由总机构负责统一核算、合并计算应纳税额，并进行汇总纳税。
具体操作中，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的征收管理办法。分支机构需按规定的比例（如50%）就地预缴部分税款，年度终了后，总机构负责进行年度汇算清缴，统一计算包括所有分支机构在内的年度应纳税额，抵减已预缴税款后，完成多退少补。
但存在例外情况：若分支机构被税务机关认定为“独立纳税人”，则需独立进行企业所得税汇算清缴。这通常发生在该分支机构能够独立、完整地核算收入、成本费用，并能够提供准确税务资料的情况下，但需经主管税务机关的审核认定。
总结来说，除非被特别认定为独立纳税人，否则分支机构的年度企业所得税汇算清缴必须由总机构合并汇总后完成。建议企业密切关注主管税务机关的具体管理要求，并准确执行预缴与汇总申报。
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