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在选育新品种植物的过程中，企业涉及销售自产植物新品种、提供选育技术服务、转让植物新品种权等多项业务。这些业务在增值税上可能涉及不同税目和税率，例如销售农产品、技术服务、无形资产转让等。企业需要明确各项业务的增值税应税范围、适用税率以及进项税额抵扣等问题，同时关注相关税收优惠政策，以确保准确计算和申报增值税。
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根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）及相关规定，选育新品种植物的增值税处理主要取决于其业务实质。
若企业从事的是农作物新品种的选育业务，其提供的相关技术服务或成果转让，通常属于“技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务”。根据规定，纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，可以享受免征增值税的税收优惠。因此，符合条件的选育新品种业务收入可申请免征增值税。
若企业销售的是通过选育过程直接获得的植物种子、种苗等货物，则属于销售农产品。根据《增值税暂行条例》及实施细则，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。这里“农业生产者”包括从事农业生产的单位和个人，“自产农产品”涵盖种植、养殖、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。因此，企业销售自己选育并繁殖的种子、种苗，通常可按销售自产农产品享受免税政策。
若企业从外部购入种子种苗再销售，或提供的服务不属于技术转让开发范畴，则一般应按适用税率（如9%或13%）计算缴纳增值税。
具体操作中，纳税人需准确区分业务性质，并按规定进行免税备案或申报纳税。建议结合具体业务合同和当地主管税务机关的要求进行判定和处理。
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