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在选育新品种植物的过程中，企业涉及销售自产植物新品种、提供选育技术服务、转让植物新品种权等多项业务。这些业务在增值税上可能涉及不同税目和税率，例如销售农产品、技术服务、无形资产转让等。企业需要明确各项业务的增值税应税范围、适用税率以及进项税额抵扣等问题，同时关注相关税收优惠政策，以确保准确计算和申报增值税。
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根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）及相关规定，选育新品种植物的增值税处理主要取决于其业务实质。
若企业从事的是农作物新品种的选育业务，其提供的相关技术服务或成果转让，通常属于“农业技术服务”，可享受增值税免税政策。具体依据为销售自产农产品免征增值税，以及为农业生产提供的技术推广、培训等服务免征增值税。
若企业将选育出的新品种植物作为商品（如种子、种苗）进行销售，则需区分情况：
1. 销售自产自繁的种子、种苗，属于销售自产农产品，可依据相关规定申请免征增值税。
2. 对外购的种子、种苗进行再加工、分装后销售，或销售非自产的品种，则一般应按“销售货物”适用9%的增值税税率（若为小规模纳税人，可适用相应的征收率）。
关键点在于准确界定业务性质（是技术服务还是货物销售）以及货物来源（是否自产）。建议企业规范会计核算，清晰区分不同业务类型，并保存好研发过程、自产证明等相关资料，以便准确适用税收政策并备查。具体操作请以主管税务机关的认定为准。
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