金蝶精斗云于“双薪制”计税方法，国家税务总局曾先后下发了两个文件——《国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的批复》(国税函[2002]629号)和《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》(国税发[2005]9号)。上述两个文件的不同之处在于个人取得的所得是否除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。由于国税发[2005]9号文件中并没有明确说明国税函[2002]629号文件废止，造成了某些地方的税务机关依然按照国税函[2002]629号文件计算个人所得税的情况出现。因此，为了明确个人所得税若干政策执行口径，公平税负，加强征管，根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例等相关规定，国家税务总局发布了《关于明确个人所得税若干政策执行问题的通知》(国税发[2009]121号)，明确《国家税务总局关于个人所得税若干政策问题的批复》(国税函[2002]629号)第一条有关“双薪制”计税方法停止执行。这次文件的下发，满足了定期清理过时或者作废文件的要求，不会增加普通工薪收入者的负担。
一、“双薪制”原计税办法的政策规定
按照国税函[2002]629号文件第一条规定，国家机关、事业单位、企业和其他单位在实行“双薪制”(按照国家有关规定，单位为其雇员多发放一个月的工资)后，个人因此而取得的“双薪”，应单独作为一个月的工资、薪金所得计征个人所得税。对上述“双薪”所得原则上不再扣除费用，应全额作为应纳税所得额按适用税率计算纳税，但如果纳税人取得“双薪”当月的工资、薪金所得不足2000元的，应以“双薪”所得与当月工资、薪金所得合并减除2000元后的余额作为应纳税所得额，计算缴纳个人所得税。
案例1：在某事业单位工作的王先生，2008年12月取得工资、薪金收入3000元以及“双薪”工资3000元。王先生应缴纳的个人所得税为：
应纳税所得额=3000-2000=1000(元)
应纳税额=1000×10%-25=75(元)
“双薪”所得应缴纳的个人所得税=3000×15%-125=325(元)
因此，王先生12月应纳税额为：75+325=400(元)
案例2：假如王先生2008年12月取得工资、薪金收入1800元以及“双薪”工资1800元。根据国税函[2002]629号规定，在计算个人所得税时，可以将“双薪”所得与当月工资、薪金所得合并减除2000元之后的余额，计算个人所得税。
应纳税额=(1800+1800-2000)×10%-25=135(元)
二、“双薪制”可以适用“一次性奖金”的政策规定
国税发[2005]9号规定，纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并按以下计税办法，由扣缴义务人发放时代扣代缴：先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
案例3：案例中1的王先生2008年12月取得工资、薪金收入3000元以及“双薪”工资3000元。网先生应缴纳的个人所得税适用国税发[2005]9号的计税办法为：
应纳税所得额=3000-2000=1000(元)
应纳税额=1000×10%=100(元)
“双薪”所得按照“一次性奖金”应适用的税率
3000/12=250元，适用税率5%
“双薪”所得按照“一次性奖金”应缴纳的个人所得税=3000×5%=150(元)
因此，王先生12月应纳税额为：100+150=250(元)，较“双薪”计税办法少纳税150元(400-250)。
案例4：假如王先生2008年12月取得工资、薪金收入1800元以及“双薪”工资1800元。根据国税函[2005]9号规定，费用扣除额2000元与工资1800元的差额为200元(2000-1800)，奖金减去这个差额后的余额为1600，1600除以12等于133.33，对照税率表，适用税率为5%，速算扣除数为0，应纳税额={1800-(2000-1800)｝×5%-0=80元。较“双薪”计税办法少纳税55元(135-80)。
通过以上案例可以说明，同样的所得按照国税发[2005]9号文件的规定比按国税函[2002]629号文件规定所缴纳的个人所得税要少。
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