金蝶精斗云已开具的增值税专用发票丢失的处理依据及方法：如果还在90天认证期内，按照国税发[2002]10号文件规定处理就可以了。国税发[2002]10号文件规定：一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前已通过防伪税控系统认证，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。 一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票，如果该发票丢失前未通过防伪税控系统认证，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。 现在增值税发票没有存根联，可用销货单位开具的增值税专用发票记账联 代替存根联。 如果已超过90天认证期，就没有解决的办法，购货方只能自认倒霉了。 我们这里就是这样处理的。
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