金蝶精斗云按照税法规定，增值税一般纳税人购进或者销售以及在生产过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额7%的扣除率计算进项税额抵扣。但在实际征管中，税务人员发现纳税人在农产品收购中不按规定记列运输费用，不计或者少计进项税额抵扣的情况时有发生，这种不规范运费抵扣逃税的现象应引起重视。
原因是增值税一般纳税人购进免税农产品可以依据收购发票上注明的买价按13%的扣除率计算进项税额抵扣，农产品收购发票又是由企业自己领取、开具，企业就是钻这一政策空子，在收购免税农产品时故意将支付的运输费用混入收购价款中一并按13%的扣除率计算进项税额抵扣。这样操作企业就会获得三方面的好处：一是可以提高扣除率，企业支付的运输费用只能按7%的扣除率计算进项税额抵扣，将运输费用混入农产品收购价款中则可以全部按13%的扣除率计算；二是企业获取运输发票抵扣税款要向地税机关缴纳营业税等地方税，会增加获取运输发票的税收成本，将运输费用混入农产品收购价款中不但可以多计提增值税进项税额抵扣，而且还可以逃避缴纳营业税等地方税；三是运输费用按照7%的扣除率计算进项税额只是运输费用和建设基金，不包括其他杂费，而将运输费用混入农产品收购价款中还可以将装卸费、保险费等杂费一并计算进项税额抵扣。
针对农产品收购中不规范计提运费抵扣逃税的情况，税务机关可以结合实际从4个方面加以控管：一是做好税收政策的宣传，结合农产品收购业务做好政策宣传，既要让企业清楚农产品收购、运输费用计提进项税额抵扣等方面的政策规定，又要让企业清楚违反税法规定将要承担的法律后果，增强企业遵纪守法及规范操作的自觉性。二是深入企业进行核查，核实企业收购农产品时价款是否与当地市场价相符，发生业务时是否有相应的运输费用发生，可根据当地运费标准、业务数量、运距等核对其运输费用的记列是否匹配，不符的要进行核实调整。三是加强部门协作，国税、地税要加强沟通合作，互通相关信息，形成合力堵塞税收征管漏洞。四是加大处罚力度，对不按税法规定记列运输费用的情况，税务机关除进行合理调整、不准予抵扣进项税额外，对情节严重的要按照税收法规从重进行处罚。
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