金蝶精斗云《增值税一般纳税人资格认定管理办法》实施后，带来的最直接的变化和影响就是：部分年销售额达到标准的小规模纳税人不愿主动申请认定一般纳税人，除少数经税务机关宣传引导认定为一般纳税人外，多数纳税人选择了注销。以河南省南阳市为例，达标小规模纳税人主动申请认定为一般纳税人的比例约20%，而选择注销的达标小规模纳税人超过40%。通过对这些纳税人的分析，发现非金属矿物制品业、采选业，商品批发、零售等纳税人比重较大。从纳税人类型来看，主要是个体工商户。
经过调查，发现达标小规模纳税人不愿认定为一般纳税人主要有以下原因：
一是行业的特殊性使一般纳税人资格认定后税负有较大增加。如位于增值税链条初始环节的从事矿产品采选、冶炼等初级加工的纳税人，除购进电力及机器设备等可以取得专用发票，抵扣进项税外，几乎没有其他可以抵扣的项目，这些纳税人如果认定为一般纳税人，将使税负大幅提升。
二是一般纳税人简易征收办法存在局限性。现行的简易征收办法适用的范围较窄且征收率仍然维持6%不变。矿产品采选、冶炼加工无法选择适用简易征收办法。而可以选择适用简易办法征收的达标小规模纳税人，由于按简易征收办法纳税后，税负直接比小规模纳税人高3个百分点，也不愿选择按简易办法征收。特别是销售额处于临界点附近的纳税人（如年销售额50万元至60万元之间），这种倾向性会更加明显。
三是对增值税专用发票取得的非依赖性。如位于增值税链条末端的从事商业零售的纳税人，进货渠道分散，基本上为现金交易，一般取得普通发票甚至不索取发票，以换取价格优惠；而销售直接面对消费者，不需要开具增值税专用发票，对专用发票依赖性不强。这类纳税人在一般纳税人资格认定中往往采取消极态度。
四是个别行业经营核算体制与增值税一般纳税人核算原则发生冲突。如邮政物流业务，按照现行的经营核算体制，由市级邮政局统一配送货物，但仅开具提货单，不提供发票、不申报纳税，由其下设的县（区）邮政局（非法人，报账单位）负责最终销售，每月根据商品出库单申报缴纳增值税。新办法实施后，销售额达标的县（区）邮政局应申请认定为一般纳税人，但由于购进环节不能取得专用发票，使税负由3%提高至17%或略低，显然是这些纳税人难以接受的。
五是纳税成本的增加影响了主动申请认定的积极性。纳税成本既有资格认定后带来的显性成本的增加，如购置增值税防伪税控专用设备、
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