金蝶精斗云ERP要满足不同生产类型、不同管理模式、不同工业领域、不同产品的管理需求实在是一个困难的课题。所以要想做成集成式软件存在如下弊端：
- 产品开发周期长。ERP的功能要覆盖企业产供销人财物的管理，实现供应链上物流、资金流、信息流的优化管理，现在又发展了客户关系管理CRM，供应链管理SCM，电子商务EC，商业智能BI这样宽广的业务范围，又要面对上述复杂的业务环境，所以一个集成式软件的ERP软件包开发需要耗费大量的人力物力和时间，因此其开发周期是很长的。
- 产品升级换代慢。当今的计算机和网络技术是按照摩尔定律来发展的。所以，软件公司必须不断的升级换代软件产品，才能享受新技术的成就，因此软件的生命周期是很短的。另外，我们处在一个急剧变革的年代，商业管理的模式千变万化，与时俱进，这也要求ERP软件不断的更新换代。
- 应用实施难。由于软件产品非常复杂，适用于各行各业，而对一个特定企业而言，他必须经过管理咨询，进行业务流程、组织机构、管理模式的设计，才能进行对软件模块的配置和若干参数的设置，而这一项工作需要高级咨询顾问，同时也意味着需要金钱和时间。即便如此，仍然有很多客户的特殊要求需要用户化修改，大大的增加了实施的难度。
- 功能利用率低。集成式软件包含了各行各业各种管理模式的丰富的功能，但是，一旦经过大量的剪裁和参数设置，一个特定企业仅用了通用软件包很少一部分功能。花了很多的钱，做了很少的事——好似杀鸡用牛刀。
- 成本费用高。这种集成式软件由于其产品的复杂性和实施的复杂性，所以他与专用产品相比成本费用要高的多。
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