金蝶精斗云企业研发机构发生的费用是否可以加计扣除的问题，一直以来都是企业财务人员比较关心的。根据有关税法的规定，并不是企业科研机构发生的所有费用都可以加计扣除。纳税人应当根据有关税法的规定，对科研机构发生的所有费用进行归类，准确统计允许加计扣除的部分。
哪些费用可以税前扣除
《企业所得税法》第三十条规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。《国家税务总局关于印发〈企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕116号）规定，一、企业所从事的研究开发项目必须是符合《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》规定的项目。二、允许在计算应纳税所得额时，按照规定实行加计扣除的费用包括：1.新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。2.从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。3.在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。4.专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。5.专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。6.专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。7.勘探开发技术的现场试验费。8.研发成果的论证、评审、验收费用。
哪些费用不予税前扣除
不能实行加计扣除的费用主要包括：
1.共同合作开发的项目，应当由合作的其他各方承担的研发费用。
2.委托开发的项目，受托方没有向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
3.法律、行政法规和国家税务总局规定不允许在企业所得税税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。如礼品、礼金、赞助费等。
4.企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
5.企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时，向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
6.由集团公司进行集中开发的研究开发项目，应当由受益集团其他成员公司分摊的研究开发费。
申请扣除时报送哪些资料
企业申请研究开发费加计扣除时，还应向主管税务机关报送如下资料：
1.自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算。
2.自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单。
3.自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表。
4.企业总经理办公会或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件。
5.委托、合作研究开发项目的合同或协议。
6.研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料。
企业根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理的，可按下述规定计算加计扣除：
1.研发费用计入当期损益未形成无形资产的，在按照规定据实扣除的基础上，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。
2.研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。
几个需特别注意的问题
纳税人在扣除研发费用时，应当特别注意以下几个方面：
一是应当首先划分清楚研发项目是否属于《国家重点支持的高新技术领域》和《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》规定的项目。对不属于上述文件规定的项目，发生的研究开发费用不能实行加计扣除。
二是应当划分清楚所发生的研究开发费用是否属于国税发〔2008〕116号文件规定的费用。对不属于该文件列明的项目费用，如门卫的工资、公司经理的汽车加油费等，不能作为加计扣除的费用。
三是对于属于共同开发或者由集团公司集中开发的研究开发项目，应当按照合理的方法划分清楚是否属于本企业应当负担的研究开发费用。
四是应当按照国税发〔2008〕116号文件的规定，向税务机关报送有关资料，及时汇集有关资料和凭证。
五是按照规定的比例加计扣除研究开发费用，对研发费用形成无形资产的，要按照规定的年限进行摊销。
另外，还有一些费用，不但不能实行加计扣除，而且也不能在税前列支。像税法不允许扣除的费用，如礼品、礼金、赞助费等。以及不属于企业自身发生的费用，如共同合作开发的项目，应当由合作的其他各方承担的研发费用。还有就是发生费用时没有取得有关票据，或者没有取得合法票据的费用，对于这些费用，纳税人应当及时做好纳税调整工作，做到依法纳税，避免涉税风险。
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